Samrådet med EU-nämnden omfattar inte bara slutliga beslut. Det gäller också andra ståndpunkter som regeringen ska föra fram i förhandlingarna. Ibland överlägger regeringen med något av riksdagens utskott om en fråga innan den tas upp i EU-nämnden.
Antalet och fördelningen av riksdagsledamöter i EU-nämnden liknar den i utskotten. Ledamöterna i EU-nämnden sitter också i utskotten. På så sätt kan partierna följa upp en tidigare behandling av frågan i utskottet i den slutliga behandlingen i EU-nämnden.
Till skillnad från utskotten har EU-nämnden överblick över alla beslut som EU är på gång att fatta och hur en fråga kan påverka en annan fråga. Regeringens samråd med EU-nämnden handlar mycket om att komma fram till hur Sverige ska ställa sig till enskilda beslut med hänsyn till helheten.
EU-nämnden är ett samrådsorgan. Det betyder att EU-nämnden inte förbereder förslag till riksdagsbeslut på det sätt som utskotten gör.